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藻類是池塘生態系統能量流動和物質循環初始也是重要的一個環節。池塘中藻類的種群結構遵從“物競天擇,適者生存”的原則。主導藻類的品種由水質屬性、水體中營養鹽、溫度和光照輻射等因素所決定,同時也受食物鏈下游捕食生物的種類和攝食壓力所影響。營養條件、氣候條件或下游捕食生物等因素變化時,就會出現種群演替。藻類通過光合作用,將太陽輻射及吸收水中營養鹽轉化為生物質能輸入池塘,以驅動池塘生態系統運行,是藻類的主要功能。